V detstve ho sexuálne zneužívali
Podobne ako ostatní sérioví vrahovia, aj Johnovo brutálne vyčíňanie bolo spájané s jeho nešťastným detstvom. John Wayne Gacy sa narodil v roku 1942 v americkom Chicagu. Jeho rodina mala korene v Poľsku. Detstvo nemal práve jednoduché. Matka bola v domácnosti a otec sa živil ako automechanik, bol však alkoholik a násilník. Svojmu synovi odmala hovoril, že z neho rastie hlúpy a neschopný človek. Johna aj jeho dve sestry prísne trestal, bil koženým remeňom vždy, keď sa podľa jeho názoru nesprávali dobre. Fyzicky útočil aj na ich matku.
Gacyho sestra Karen neskôr povedala, že sa súrodenci naučili proti útokom obrniť a John nikdy neplakal. Pri vypočúvaní po zatknutí John Gacy prezradil, že ako dieťa ho sexuálne obťažoval rodinný priateľ.
Práve sexuálne zneužívanie iným mužom a násilie, ktoré zažíval od otca, mohli byť spúšťačom jeho krutých činov zameraných voči homosexuálnym mladíkom, sám si pritom už v čase dospievania uvedomil, že ho sexuálne priťahujú muži. V tom čase však bola homosexualita spoločnosťou odsudzovaná a spolu s tyranskou výchovou a nízkym sebavedomím spustila nenávisť voči sebe aj iným mužom.