Ministerstvo životného prostredia následne pripraví projekty ochrany pre vyhlásenie jednotlivých prírodných rezervácií.  

„Po dlhých rokovaniach so štátnymi a súkromnými subjektmi sa nám podarilo nájsť dohodu, ktorej výsledkom je zaistenie právnej ochrany tohto vzácneho územia. Obzvlášť ma teší, že takmer 4 300 hektárov lokality bude tvoriť prísne bezzásahové územie,“ uviedol podpredseda vlády a minister životného prostredia László Sólymos,

Po sfinalizovaní návrhu na zmenu hraníc sa tak ministerstvu životného prostredia podarilo dohodnúť a zaistiť takmer 4 300 hektárov prísne bezzásahového územia. Striktná nárazníková zóna – teda ochranné pásmo, v ktorom sú výrazne obmedzené zásahy do lesných porastov, bola vymedzená na výmere ďalších zhruba 1 700 hektárov. Širšia nárazníková ochranná zóna samotných vzácnych bukových lesov a pralesov UNESCO, kde sa bude môcť hospodáriť len v obmedzenej forme v súlade s princípmi prírode blízkeho manažmentu, bude mať výmeru vyše 13 300 hektárov.

Jedinú výnimku predstavujú súkromné pozemky v NPR Šípková o rozlohe približne 150 hektárov. Tu sa dohodu so súkromným vlastníkom nepodarilo dosiahnuť, a preto územie nebude zaradené medzi lokality UNESCO. Táto lokalita je však už dnes v piatom stupni ochrany a jej vyňatie z návrhu v žiadnom prípade neznižuje ochranu tejto lokality.  

Problematika nedostatočne chráneného vzácneho územia sa ťahá už 12 rokov. Problematickým bol už samotný nominačný projekt zaradenia lokality na Zoznam svetového dedičstva UNESCO v roku 2007. V projekte sa totiž uvádzali dve odlišné rozlohy územia. Kým v texte sa uvádzalo 5 700 hektárov, v mapovej časti bolo zakreslených len 3 500 hektárov. Práve nejasné vymedzenie územia tak komplikovalo aj zaistenie adekvátnej ochrany. Výbor svetového dedičstva Slovensko opätovne upozorňoval na riziko možného poškodzovania prírodnej pamiatky v dôsledku chýbajúcej právnej ochrany a režimu manažmentu lokality.