Odišiel do Francúzska, konkrétne do Paríža.

V máji 1905 prišiel do Paríža profesor Janssen. Štefánikovi sa podarilo dostať na jeho hvezdáreň v Meudone. Ako hosť tejto hvezdárne podnikol rôzne výpravy po svete.

Vedecký ústav Bureau des Longitudes spolu s meteorologickým ústavom (Bureau Central Météorologique) vyslali Štefánika na Tahiti pozorovať Halleyovu kométu. Prišiel tam v máji 1911 a prežil tam 10 mesiacov. Pri pozorovaní úplného zatmenia Slnka dosiahla Štefánikova výprava najlepšie výsledky, čo ocenila i Francúzska akadémia vied.

Štefánik sa 14. novembra 1918 stal ministrom vojenstva vo vláde Karla Kramáře. Vo funkcii pôsobil až do smrti v roku 1919. Pod ministerstvo spadali zahraničné légie.

Keď sa Štefánik vracal z Talianska do Bratislavy, nad Ivankou jeho lietadlo havarovalo a on v troskách zahynul. Prečo sa však lietadlo zrútilo, nie je úplne jasné. Niektorí hovorili o zlom počasí, ale v ten deň vraj bolo pekne. Iní vidia dôvod havárie v technickej poruche lietadla. Niektorí sa domnievajú, že vojaci si mysleli, že ide o nepriateľské lietadlo a zostrelili ho. Podľa iných išlo o atentát, za ktorým mal byť Edvard Beneš, ktorý sa vraj so Štefánikom nemal rád a mali spolu spory.

Štefánika pochovali v mohyle na Bradle, ktorej autorom je významný slovenský architekt Dušan Jurkovič. Je to na kopci nad Brezovou pod Bradlom, neďaleko Košarísk, kde sa Štefánik narodil.

Štefánikovou snúbenicou bola talianska markíza Giuliana Benzoni. Na snímke je vľavo spolu s matkou a Štefánikom.

Štefánikova hvezdáreň je v Prahe, na vrchu Petřín. Je určená širokej verejnosti a slúži najmä pre popularizáciu astronómie. Bola postavená a sprevádzkovaná Českou astronomickou spoločnosťou v roku 1928.