Keď sa v parlamente diskutovalo o tom, či zrušiť alebo nezrušiť tzv. „Mečiarove amnestie,“ prišli na pretras aj prezidentské milosti. Konkrétne milosť od už zosnulého prezidenta MichalaKováča pre jeho syna, ktorá bola udelená v roku 1997. Okrem Kováča ml. dostal milosť aj Martin Sýč-Milý a Marian Kočner.

Išlo o milosť v kauze Technopol, ktorú vyšetrovali hlavne nemecké úrady, keďže v kauze figurovali aj občania Nemecka. S vyšetrovaním však bol problém. V deväťdesiatych rokoch totiž  medzi Nemeckom a Slovenskom neexistovali dohody, ktoré by zabezpečili, že by mohli prebiehať vyšetrovania na území iného štátu. Navyše celý proces bol mimoriadne opatrný, aby nedošlo k diplomatickému konfliktu. Nemeckí vyšetrovatelia museli teda svoje zodpovednosti preniesť na slovenských.

Milosť však ďalšie vyšetrovanie zastavila. Text samotných milostí nie je známy, čo je v takomto prípade nezvyčajné. Prezidentské milosti bývajú verejne známe, ale tie Kováčove podliehajú utajeniu. Kočner pri tom v kauze bol len akási vedľajšia figúrka.

Na archívnej snímke z 20. februára 1996 Michal Kováč mladší vo Viedni. Vyšší krajinský súd vo Viedni 20. februára rozhodol, že rakúske justičné orgány nevydajú Michala Kováča mladšieho do Nemecka. Michal Kováč ml. sa preto okamžite môže vrátiť na Slovensko. V odôvodnení rozsudku predseda senátu Friedrich Novotny povedal, že Michal Kováč ml. bol do Rakúska zavlečený proti svoje vôli, čím došlo k porušeniu jeho zákadných ľudských práv. V prípade, že by rakúsky súd rozhodol o jeho vydaní do Nemecka
Na archívnej snímke z 20. februára 1996 Michal Kováč mladší vo Viedni. Vyšší krajinský súd vo Viedni 20. februára rozhodol, že rakúske justičné orgány nevydajú Michala Kováča mladšieho do Nemecka. Michal Kováč ml. sa preto okamžite môže vrátiť na Slovensko. V odôvodnení rozsudku predseda senátu Friedrich Novotny povedal, že Michal Kováč ml. bol do Rakúska zavlečený proti svoje vôli, čím došlo k porušeniu jeho zákadných ľudských práv. V prípade, že by rakúsky súd rozhodol o jeho vydaní do Nemecka
Zdroj: Drahotín Šulla

Podľa bývalého generálneho prokurátora Michala Vaľa toto môže byť odrazovým bodom pre Kočnera. Práve rozhodnutie prezidenta Michala Kováča mohlo mať za dôsledok "sformovania" Mariána Kočnera v takej podobe, ako ho poznáme dnes.

Vtedy sa teoreticky mohol dostať k citlivým materiálom. Napríklad k skutočnému dôvodu, prečo Kováč ml. dostal prezidentskú milosť. Vaľo si myslí, že tým Kočner mohol bývalého prezidenta vydierať, alebo to využil, aby si vybudoval vlastnú prestíž na základe známostí „na najvyšších miestach."

Prezidentské amnestie sú však nezrušiteľné. V momente, keby existoval mechanizmus na ich zrušenie, stratili by váhu. Aj právne by dôsledky takéhoto ťahu boli príliš komplikované. Kočner teda za Technopol nemôže byť vyšetrovaný ani trestaný, lebo dostal v tomto prípade milosť. Keby sa tak nestalo, mohla by sa jeho podnikateľská dráha vyvíjať úplne inak.